Der zweite Studienabschnitt (3. – 7. Semester) umfasst vier theoretische Studiensemester und mit dem 5. Semester ein praktisches Studiensemester im Umfang von 18 Wochen. Im 3. und 4. Semester werden zum einen die Kompetenzen in der Software-Entwicklung durch Software Engineering und die Entwicklung von Web-Anwendungen weiter ausgebaut, sowie Datenbanksysteme und Kommunikationsnetze behandelt, die ein Fundament für nahezu alle Anwendungssysteme bilden. Zum anderen werden die Studierenden mit verschiedenen Arten von Anwendungssystemen (wie ERP-Systemen oder Business-Intelligence-Systemen) vertraut gemacht und Kompetenzen im Geschäftsprozessmanagement, IT-Organisation, IT-Management, IT-Steuerung, sowie im IT-Projektmanagement aufgebaut. Darüber hinaus werden die Studierenden an das fachwissenschaftliche Arbeiten und Präsentieren herangeführt.
Im 6. und 7. Semester werden IT-Sicherheit, IT-Recht und weitere Arten von Anwendungssystemen behandelt, sowie das Verständnis für E-Business und die digitale Transformation in Unternehmen und die damit verbundenen Herausforderungen entwickelt. Großen Raum nimmt in diesen Semestern die individuelle thematische Ausrichtung und Vertiefung ein, z.B. in Richtung Data Business Intelligence, Data Analytics / Data Science, Entwicklung von Enterprise Applications oder Betriebswirtschaftslehre und Unternehmen. Diese erfolgt durch frei wählbare fachwissenschaftliche Module, ein Projekt und durch die Bachelorarbeit, die das Studium der Wirtschaftsinformatik abschließt.